Водный транспорт применяется для обеспечения безопасной эксплуатации магистральных нефтепроводов. При помощи катеров-буксиров на баржах-площадках осуществляется перевозка автомобильной и дорожно-строительной техники для проведения плановых работ и обслуживания магистральных нефтепроводов в труднодоступных местах. Кроме того, баржами перевозятся различные грузы (оборудование, материалы и т.д.).
На плавсредствах проведен ремонт и техническое обслуживание узлов и механизмов, навигационного оборудования, средств звуковой и световой сигнализации, испытано спасательное оборудование и противопожарный инвентарь, обновлены лоцманские карты. Суда приняты в эксплуатацию, получены разрешения инспектирующих органов.
Филиалы компании располагают 147 единицами водного транспорта, в числе которых — 10 буксиров, 8 служебно-разъездных катеров, 1 нефтесборщик, 4 судна на воздушной подушке, 24 катера-бонопостановщика, а также 11 единиц несамоходных судов (баржи) и 89 моторных и гребных лодок.
Судна-нефтесборщики и катера-бонопостановщики предназначены для проведения работ при ликвидации аварий и инцидентов, они входят в состав аварийно-спасательных формирований. Данный водный транспорт используется также при проведении учебно-тренировочных занятий.
Служебно-разъездные суда, моторные и гребные лодки используются при проверке технического состояния и обслуживании нефтепроводов на подводных переходах. Судна на воздушной подушке осуществляют перевозку пассажиров и грузов в труднодоступные места, доставка в которые автомобильным транспортом не представляется возможной.
Суда курсируют по всему Обь-Иртышскому бассейну: реки Обь, Иртыш, Пур, Таз и все боковые притоки — Тура, Тобол, Тавда, Сосьва, Конда, Балык, Салым, Юган. На территории Тюменской и Свердловской областей навигация ведется с первых чисел мая, в Томской области и ХМАО-Югре навигация начинается в середине мая, а в ЯНАО в июне.